A peine remis de l'assaut sur l'île de Burnow, les Tortues et leurs alliés sont pris dans un tourbillon de violence qui menace de plonger New York dans le chaos. Tandis que l'agent Bishop fomente un nouveau plan pour détruire les mutants, Karai est de retour. La petite fille de Shredder compte bien reprendre la tête du clan Foot. La guerre est déclarée et le clan Hamato doit protéger les siens.